Aan het begin van ieder jaar stelt de Bestuurskamer van de SER een werkprogramma voor dat jaar vast. Daarin worden de specifieke projecten opgenomen die het secretariaat van de Bestuurskamer in de loop van het jaar ter hand zal gaan nemen.
De werkzaamheden met een regulier uitvoerend karakter blijven buiten beschouwing. Die hebben betrekking op de dagelijkse uitvoering van de taken in het kader van de Wet op de bedrijfsorganisatie (onder meer aanwijzing benoemingsgerechtigde organisaties), de Wet op de ondernemingsraden (ontheffingsverzoeken, taken met betrekking tot de bedrijfscommissies, opleggen WOR-heffing) en de Wet op de kamers van koophandel en fabrieken 1997 (aanwijzing benoemingsgerechtigde organisaties).